Муниципально образовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 39» открыта в 1967 году. С 1987 года в школе начали работать классы с углубленным изучением химии и биологии. С 1994 года школа работала в режиме эксперимента по внедрению новых технологий и подходов к экологическому образованию и воспитанию школьников, участвовала как член Межгосударственной ассоциации «Авангард», созданной при Московском государственном открытом педагогическом институте, в отработке новой модели школы «Экология и диалектика», одобренной Министерством образования России. Работая в рамках эксперимента, школа разработала и внедрила  режим функционирования интегративно-гуманитарную модель экологического образования. Содержательной основой инновационной модели выступила идея экологизации образовательной среды. Концептуальные подходы формирования интегративно-гуманитарной модели с экологической направленностью образования были обоснованы в диссертации кандидата педагогических наук, заместителя директора по научно-методической работе, а затем и директора школы М.Н.Гогловой. Диссертация защищалась в Диссертационном Совете АПК и ПРО (г.Москва). Ученый Совет Академии предложил продолжить работу над формируемой моделью, поскольку ее концептуальные идеи были созвучны идеям модернизации Российского образования. С 2000 года школа стала экспериментальной площадкой кафедры развития образовательных систем АПК и ПРО.
Деятельность нашей школы ориентирована на дальнейшую адаптацию формируемой нами интегративно-гуманитарной модели с экологической направленностью образования к новым, модернизированным идеям, направлениям обновления образовательных систем. Школьная педагогическая система, построенная на основе интегративно-гуманитарной модели имеет развивающий и развивающийся характер, способствует формированию и развитию образованной, культурной, нравственно и физически здоровой личности,  готовой к самоопределению, ответственному отношению к преобразованию окружающего мира и самого себя на основе сотрудничества с людьми, способной к постоянному саморазвитию и самосовершенствованию, обеспечивающих компетентностный уровень сформированности экологического сознания выпускников, владеющих знаниями и умениями в сфере сохранения и поддержания своего духовного, психического и физического здоровья.
Для этого нами отработано содержание образования профильной старшей и предпрофильной основной школы с учетом экологической направленности педагогической системы, созданы организационно-педагогические условия, обеспечивающие формирование непрерывного экологического образования школьников, усовершенствована модель управления учебно-воспитательным процессом адекватно новой педагогической системе, разработана система диагностики учебных достижений школьников с учетом системы ключевых компетентностей, целей и задач опытно-экспериментальной деятельности школы, оптимизирована воспитательная система экологической направленности.
Обратиться к личности человека (как взрослого- педагога, так и маленького-  ученика), мобилизовать его скрытые возможности и направить их на овладение Знанием (мира, наук, отношений), воспитать в нем экологическую культуру – все это призвана осуществить наша образовательная школа № 39.
Учителя нашей школы активно подключают учащихся к поиску информации и разрешению проблемы. Творческие и интересные люди ( таких немало ), они добросовестно исследуют проблемы не только своего предмета, но и смежных,  с ними интересно поспорить, а удивить их очень лестно! В свою очередь, наставники невероятно гордятся своими выпускниками. Не обязательно это должны быть знаменитости, такие как Лев Воронин ( один из героев Олимпиады-2000 в Сиднее, член сборной России по гандболу), или Коля Буцкий ( достойный партнер телеведущего  Вяземского по игре «Умники и умницы»). Это может быть просто хороший добрый человек, хороший  специалист. Особой любовью и доверием пользуются педагоги, умеющие видеть красоту и талант в другом человеке, помогающие ему раскрыть свои возможности, увидеть и оценить себя глазами других.

С 2011 года в школе реализуется ведомственная целевая программа «О    поддержке казачьих обществ в муниципальном образовании «Город Астрахань», в рамках которой открыты казачьи классы в начальном и среднем звене. Основная цель: формирование у школьников целостного представления об истории казачества, традициях, быте и культуре, о роли и месте казаков в историческом становлении ЕАО и важность сохранения культурно-национального единства. Школа  осуществляет совместную работу  с астраханским региональным отделением «Казачье астраханское войско» общероссийской общественной организации «Союза казаков»,  городским казачьим обществом «Астраханское»  астраханского окружного казачьего общества войскового казачьего общества   Всевеликое   войсковое  Донское казачество.